食品衛生指導員制度は、昭和35年の制定以来、安全を求めた衛生的な食品の提供を通じ、国民の健康保護に重要な役割を果たしてきた。
しかし、食を取りまく環境の変化はめまぐるしく、牛海綿状脳症(BSE)の発生や食品の虚偽表示問題等、安全性にかかわる諸問題の発生から、食品等事業者や食品安全行政に対する国民の不安感や不信感が高まり、情報公開の不徹底、事業者の責務意識の欠如並びに危機管理体制の欠落などが問題になった。
このような状況を踏まえて平成15年5月に食品安全基本法が制定され、これに伴う食品衛生法の大幅改正となり、新たに第3条の食品等事業者の責務規定により努力義務化された。
食品の安全性の確保は、食品安全基本法第3条で定める「国民の健康の保護」が最も重要という基本的認識(基本理念)のもとに行われる。
食品衛生指導員活動は、保健所等関係行政機関の指導や連携を得て、自主管理体制の確立を促進し、食品安全の確保という国民の大きな期待に応え、さらに消費者に対しては、食品衛生思想の普及活動を行い、より一層の食の安全を追求していくこととする。
これら実践活動を食品業界が積極的に推進するため、厚生労働省及び各関係地方自治体の指導のもとに、食品衛生協会活動の重要な分野を担当する食品衛生指導員制度を設置する。

食品衛生指導員を食品衛生協会活動の中核として位置づけ、食品衛生法で規定されている食品等事業者の責務に係る事項である、食品の安全確保に必要な通常時の措置、危害発生防止に必要な限度の措置、記録の国・地方自治体への提供並びに管理運営基準の周知徹底など、法令遵守に関する事項のほか、食品衛生思想の普及啓発、健康被害者救済等に係る事項について実践活動を行うことにより、飲食に起因する衛生上の危害の発生を防止し、もって国民の健康の保護に寄与することを目的とする。

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